ワークツリーとは

Gitの管理下に置かれた作業をしているディレクトリ

Gitでは、コミットを実行した時にワークツリーから直接リポジトリ内に状態を記録するのでなく、その間に設けられているインデックスの設定された状態を記録するようになっています。
そのため、コミットでファイルの状態を記録するためには、まずインデックスにファイルを登録する必要があります。

このようにインデックスを間に挟むことで、ワークツリー内の必要ないファイルを含めずにコミットを行ったり、ファイルの一部の変更だけをインデックスに登録してコミットすることができます。